疾病管制署(下稱疾管署)今(2026)年11月3日表示，今年公費流感及新冠疫苗自10月1日起開打，在健康幣政策助攻及疫情提前進入流行期的影響下，整體接種率顯著提升；截至今年11月2日，國內流感疫苗接種累計已逾474.7萬人次、新冠疫苗接種累計已逾134.4萬人次，分別為去(2025)年同期的1.02倍及1.3倍。目前時序已進入11月，氣溫明顯下降，呼吸道病毒將更活躍，呼籲65歲以上長者及慢性病患等高風險族群，趕快接種流感及新冠疫苗，另11月2日起已開放第二階段接種，提醒符合資格之50至64歲無高風險慢性病成人等公費對象踴躍前往接種，及早獲得免疫保護力，降低感染後併發重症與死亡發生風險，還可獲得健康幣，一起「顧健康」又「賺飽幣」。
疾管署指出，國內流感疫情下降惟處流行期，第43週(10/25-10/31)類流感門急診就診計95,916人次，較前一週下降7.3%。另上週(10/27-11/2)新增151例流感併發重症病例(146例H1N1、2例H3N2、2例A未分型、1例B型)及46例死亡(均H1N1)。依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之流感病毒以A型為主，其中以A型H1N1占92.7%為高。本季(2026/10/1-2027/9/30)累計542例重症病例(531例H1N1、2例H3N2、6例A未分型、3例B型)及95例死亡(92例H1N1、3例A未分型)，其中重症病例以65歲以上長者(占69.0%)及具慢性病史者(占85.4%)為多，未接種本季流感疫苗占98.3%。
依據疾管署監測資料顯示，國內新冠肺炎疫情持續下降，第43週(10/25-10/31)新冠門急診就診計1,834人次，較前一週(10/18-10/24)下降28.7%；上週(10/27-11/2)新增11例本土重症病例及3例本土死亡病例。本季累計75例本土重症，其中13例死亡，重症病例以65歲以上長者(占60.0%)及具慢性病史者(占84.0%)為多，皆未接種本季新冠疫苗；近4週本土病例變異株以PQ.16.1.1為多，其次為NB.1.8.1。
疾管署提醒，今年疫苗接種情形踴躍，提醒符合公費資格且尚未接種的民眾，儘速前往合約院所完成接種。另鑑於近期氣溫變化大，除接種疫苗外，亦務必做好手部衛生與咳嗽禮節，落實勤洗手、有發燒、咳嗽等類流感症狀戴口罩及生病在家休息等措施，並持續留意流感及新冠併發重症發生風險，若出現呼吸困難、呼吸急促、發紺、血痰、胸痛、意識改變、低血壓等危險徵兆，應儘速就醫以及時獲得治療。