疾管署說明，本年度流感疫苗接種計畫採購標準型流感疫苗約644.9萬劑與加強型流感疫苗約17萬劑，開打後可視實際需求再分別額外下訂20萬劑與3萬劑，其中加強型流感疫苗將優先提供安養、長照(服務)機構65歲以上受照顧者及機構所屬工作人員接種，以因應人口結構變遷及季節性疫情挑戰。疾管署提醒，符合本年度公費流感疫苗接種資格的民眾，應踴躍接種，以於流感疫情高峰期來臨前獲得足夠保護力。新冠疫苗部分則已採購220萬劑Moderna新冠疫苗，包括190萬劑單劑型及30萬劑多劑型，其中190萬劑單劑型適用於12歲以上民眾接種，已全面升級為新世代疫苗，所含抗原劑量為前一代疫苗的1/5，實證資料顯示，接種後發生發燒及任何局部不良反應的比例約減少一半；且臨床研究顯示，其可誘發近2倍的抗體反應，較前一代疫苗可提供更佳的免疫保護力。
疾管署表示，2026年度全臺合計約有4,000家流感/新冠疫苗接種合約院所。疫苗開打後，民眾可透過各地方政府衛生局網站、疾管署「流感新冠肺鏈疫苗及流感藥劑地圖」(VAX MAP)、疾管家或撥打1922防疫諮詢專線，查詢鄰近合約院所，再致電院所預約接種，以確保能順利接種疫苗並減少現場排隊等候時間。前往接種時，請攜帶健保卡及相關證明文件，例如兒童健康手冊、孕婦健康手冊等；55至64歲原住民如欲於第一階段接種，除健保卡外，另應出具戶籍謄本、戶口名簿或其他原住民身分證明文件。另請接種合約院所配合妥善安排接種動線，讓已預約民眾優先接種，並視現場情形適時增加人力，協助疏導人流，以提升接種效率及服務品質。另，如果不屬於新冠疫苗公費接種對象但有自費接種需求，可至全國7家自費接種服務診所自費接種，名單資訊可至疾管署全球資訊網/傳染病與防疫專題/傳染病介紹/第四類法定傳染病/新冠併發重症/ COVID-19疫苗/自費COVID-19疫苗接種院所項下查詢。
依據疾管署監測資料顯示，國內流感疫情持平仍處流行期，第38週(9/20-9/26)類流感門急診就診計138,654人次，較前一週略降3.2%，主要受連假門診休診影響。另上週(9/22-9/28)新增87例流感併發重症病例(80例H1N1、1例H3N2、6例A未分型)及30例死亡(均H1N1)。依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之流感病毒以A型為主，其中以A型H1N1占87.7%為高。本(114-115年)流感季累計1,673例重症病例(1,041例H1N1、510例H3N2、32例A未分型、90例B型)及334例死亡(206例H1N1、106例H3N2、10例A未分型、12例B型)，其中重症病例以65歲以上長者(占65.9%)及具慢性病史者(占83.4%)為多，67.7%未接種本季流感疫苗。新冠疫情部分，國內新冠肺炎疫情下降，惟仍處流行期，第38週(9/20-9/26)新冠門急診就診計10,502人次，較前一週(9/13-9/19)下降28.4%；上週(9/22-9/28)新增33例本土重症病例及14例本土死亡病例。去(2025)年10月起累計756例新冠併發重症本土病例，其中147例死亡，重症病例以65歲以上長者(占73.7%)及具慢性病史者(占82.9%)為多，83.6%未接種本季新冠疫苗；近4週本土病例變異株以 PQ.16.1.1及NB.1.8.1為主。
此外，自今(2026)年10月1日起，年滿18歲民眾完成疫苗接種就可累積「健康幣」，接種新冠、流感及肺炎鏈球菌疫苗分別可獲得900、450、600健康幣，呼籲民眾一起「顧健康」又「賺飽幣」，投資自己的健康，民眾累積之健康幣可於12月1日起兌換健康商品。有關健康幣相關訊息請至健康幣官方網站(https://healthtoken.hpa.gov.tw/)查詢。